Antes da classificação como Monumento Nacional, o Mosteiro foi objeto de obras de conservação, segundo relatório da DGEMN - Direção-Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais.
Improvisou-se, ao longo da nave, uma abóbada de madeira, recuperou-se um coro dos séculos XVII e XVIII e, para seguro encaixe do seu vigamento, mutilou-se a cantaria das paredes próximas e sacrificou-se a parte superior da porta.

Rebocaram-se as paredes e a abóbada da capela-mor, e, para exibição de uma imagem muito antiga do padroeiro da igreja, São Pedro, destruiu-se o vértice da empena sobranceira ao pórtico, entaipou-se uma porta sob o arco da parede sul, rompendo uma escada de acesso, com degraus de pedra, ao campanário, substituindo-se a escada por uma outra, exterior, ao longo da fachada sul, até à empena sineira.
Após a classificação, o Mosteiro sofreu intervenções, sob responsabilidade da DGEMN – Direção-Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais, a primeira das quais consistiu na demolição do coro que obstruía a nave e encobria parte da porta principal.
Em 1930 foram apeados o altar-mor e todos os outros quatro altares existentes na nave, desentaipou-se o pórtico, apeou-se o púlpito de construção moderna, demoliu-se a escada exterior improvisada junto da fachada sul, desobstruiu-se a primitiva escada e respetiva porta, procedeu-se ao rebaixamento e lajeamento de todo o chão da nave e capela-mor, incluindo a construção dos degraus que separam os dois corpos do edifício, ao rebaixamento geral do pavimento do nártex e de todo o adro.

Nessa mesma época deu-se início aos trabalhos de desmonte e reconstrução de toda a armação do telhado, em ruína, e do teto abobadado de madeira com que fora recoberta a nave, construiu-se e assentou-se o novo telhado e consolidou-se a abóbada e cornija da capela-mor, além de se ter substituído a cobertura antiga por uma nova, de telha nacional dupla.
No ano de 1933 efetuou-se a construção de um altar de pedra, maciço, com utilização de elementos primitivos, encontrados durante as obras, e reconstituiu-se duas frestas molduradas da capela-mor, que tinham sido alargadas para obtenção de maior luminosidade.
No ano seguinte procedeu-se à demolição de oito janelões, que foram substituídos pelas frestas primitivas, com recurso a elementos encontrados durante as obras.
Em 1936, o anexo que fora construído na fachada norte, junto da abside, foi demolido e substituído por um outro de planta mais pequena, as cantarias lisas mutiladas das paredes interiores e exteriores da igreja foram substituídas, as portas exteriores foram construídas e assentadas, e colocaram-se vitrais coloridos, com armação de chumbo.
Antes do entaipamento da porta, que fora aberta na fachada principal para acesso ao coro, efetuado em 1950, repararam-se os degraus primitivos da porta principal, demoliu-se uma parte das paredes do nártex, que ocultava o ábaco esculpido do pórtico principal, no qual se colocou o tímpano e os cachorros que o sustentam.
Entre 1950 e 1952, a imagem do padroeiro São Pedro foi restituída ao seu lugar original, na capela-mor, procedendo-se à reconstituição da empena da parede suplementar onde se abre o pórtico principal. Naquele último ano efetuou-se a limpeza e reparação ligeira dos telhados.
Nesta mesma época terá sido demolida a parede de silharia que entaipava o primitivo pórtico da fachada norte, reconstituíram-se os degraus do mesmo e substituiu-se a pedra inferior do respetivo tímpano.
Foram ainda reconstruídos a soleira e os degraus da porta da fachada sul, que tinham desaparecido, reconstituiu-se a rosácea da parede posterior da nave, sob o arco triunfal, e procedeu-se à limpeza geral das argamassas que encobriam a silharia da nave, das paredes e da abóbada da capela-mor.
Ainda em 1952 foi efetuada a limpeza e reparação ligeira dos telhados. Provavelmente em data anterior, procedeu-se à construção e assentamento de uma cruz terminal na empena posterior da nave, depois de esta ter sido apeada e reconstituída.
Década e meia depois, repararam-se as ferragens das portas exteriores, limparam-se as coberturas e pintaram-se as portas exteriores de madeira com tinta de óleo. Foram ainda executados trabalhos de limpeza geral dos telhados, com substituição de telhas partidas e em falta, bem como reparação de rufos e vedações.
A cobertura sofreu obras de arranjo, em 1986, ano em que se executou uma valeta junto ao muro para impedir infiltrações de água. A cobertura foi reparada, em 1989, e a da capela-mor foi objeto de uma intervenção, em 1996, a par da revisão do telhado da nave, da instalação elétrica e das carpintarias.
Já em 2000 realizaram-se obras de conservação da sacristia, nomeadamente a execução de um novo teto em madeira de castanho, a execução e aplicação de vitrais nos vãos e a colocação de uma bica de abastecimento de água para a pia de granito existente.
Finalmente, em 2004, procedeu-se à conservação geral do imóvel, incluindo a revisão geral das coberturas da nave, capela-mor e sacristia, dos paramentos exteriores e interiores, dos vãos exteriores e do campanário, e à reformulação da instalação elétrica do interior da igreja e do campanário.